Version 2 av PrIMETV

Bakgrund

Vi har tidigare, tillsammans med en student, implementerat visualiseringsprogrammet PrIMETV för "rekonsilierade träd", vilket kan sammanfattas som träd som utvecklats inuti ett annat träd. Detta har vi även publicerat i en artikel.

Tyvärr har programmet en del svagheter och vi skulle vilja åtgärda dessa.

1. PrIMETV använder sig av ett bibliotek för vektorgrafik, GNU PlotUtils, som vars styrka är att den kan generera grafik i ett flertal format, såväl vektor- som raster-baserade. Tyvärr är biblioteket mer eller mindre övergivet och vi tror vi skulle vinna på att börja använda Cairo istället, som verkar mer etablerat idag.
2. Utritningsrutinen har vissa problem. Tex ritas de flesta linjer ut mer än en gång! Detta märks och blir jobbigt när man tar in en vektorbild i ett ritprogram som Illustrator. Dessutom fungerar skalningen av text dåligt och det är tyvärr oklart om det beror på PlotUtils eller vår implementation.
3. Vi har fler visualiseringsbehov idag. Vi skulle till exempel vilja få så kallad horisontell transfer av gener illustrerad på ett enkelt sätt.
4. Vi har känt behov att lätt märka upp delar av träden med hjälp av "tips" i indata. Exv vill man ibland att vissa hörn ska betonas lite mer och ibland ska ett delträd ha en egen färg.
5. PrIMETV erbjuder ingen interaktion. Det finns ett antal grundläggande operationer i visualiseringen som vore bra att få tillgängliga såväl från kommandorad som i ett grafiskt gränssnitt.

Mål

Grundläggande mål i detta projekt är:

• Ersättning av PlotUtils med Cairo.
• Anpassning av rit-rutinerna så att utritningen sker på ett bättre sätt med avseende på senare editering av vektorgrafik.
• Möjliggöra anpassad utritning av delar av visualiseringen.

Dessutom finns möjliga utökningar:

• Undersöka möjligheten av utökning med ett enkelt GUI, utan att plocka bort kommandoradsgränssnittet.
• Automatisk utritning av horisontell transfer.
• Modernisering och uppsnyggning av vårt primitiva webbgränssnitt till programmet. (Se webbtjänsten.)