Numero
Veckobladet om forskning,
undervisning och
administration, m.m.
Nummer 32 · 7 oktober2004 · Årgång 34      
NADA

ram

Doktorandseminarium i teoretisk datalogi


Måndag 18 oktober, kl 13.15, rum 1537:
Dispensation Order Generation for Pyrosequencing
(Mats Carlsson, SICS)


The dispensation order generation problem is a real-life combinatorial problem that arises in the context of analyzing large numbers of short to medium length DNA sequences with the Pyrosequencing method.
First, I will describe the Pyrosequencing method, its applications, the notions of dispensation order and sequence template, and the complications arising from diploid (or higher) genomes.
Secondly, I will introduce the problem of generating a dispensation order for a single sequence template, and its solution.
The algorithm has the structure of a non-deterministic rewrite system, giving rise to a search tree. It uses nogood generation and limited discrepancy to improve the search.
Finally, I will introduce the problem of generating a dispensation order for a multiplexed reaction involving several unrelated sequence templates, and its solution. The algorithm is modelled as a constraint optimization problem, and has a constraint programming implementation using a custom search procedure.


Joint work with Nicolas Beldiceanu. Parts of this talk were (will be) presented at APBC2004 (CP2004).

 

Rektor informerar om skolplanerna


Boka in måndagen den 18 oktober kl 15.15-ca 16.

Då kommer rektor Anders Flodström att informera om KTHs nya utbildnings- och forskningsorganisation i sal F 1 på Lindstedtsvägen 22.


 



På gång

Förtydligande kring hälsoundersökningar
I förra numret av Numero glömde jag ett årtal.
Så här ska det vara, anställda som är födda 1939, 1942, 1948, 1954, 1959, 1964, 1969 och 1974 har nu fått en personlig inbjudan till årets hälsoundersökningen. Undersökningen kommer att genomföras på Nada.


För er som tidigare fått en inbjudan men inte kunnat gå kan passa på nu . Anmäl detta till Susanne Bergman , susanneb@nada.kth.se

Eva-Lena

 

Löneavtalet fördröjt
Nuvarande löneavtal upphörde den 30
september, men parterna på nationell nivå har inte ännu kommit överens om nästa periods löneutrymme. Enligt KTH:s personalchef räknar man med att bli klara inom någon vecka. Sedan tar det några månader innan det är klart att teckna avtal på KTH. Nästa avtalsperiod förväntas bli tre år med ett löneökningsutrymme på ca 2%. Det är detta som parterna ännu inte är överens om. Det är dags att genomföra planeringssamtal för dem som ännu inte haft sådana det senaste året. Du kan själv vid behov ta initiativ till ett sådant samtal.


Ingrid

Prefekten bortrest
Jag är bortrest den 7-10 oktober (Viggo Kann är ställföreträdande prefekt) samt 11-13 oktober (Stefan Arnborg är ställföreträdande prefekt). Jag kommer in som hastigast både torsdag och måndag.

Ingrid


ram

Omorganisation på KTH


Jag har tidigare informerat om att KTH:s styrelse fattat beslut om att organisera verksamheten i 11 skolor och utsett en beredningsgrupp till var och en av dessa. Beredningsgrupperna har nu informerat rektor om sina förslag och lämnat in sina rapporter. Rektor informerade fakultetskollegiet i tisdags och meddelade att han har för avsikt att fatta sitt beslutsförslag senast nästa freda. Han håller också ett informationsmöte måndagen den 18/10 kl. 15.15 i sal F1.


I förslaget från Skola Datavetenskap ingår alla verksamheter på KTH Nada och KTH TMH inklusive de centra som dessa institutioner är värd för. Förslaget innebär också att skolan innefattar civilingenjörs--programmen Datateknik och Medieteknik, ingenjörs--programmet Medieteknik samt magisterprogrammen Datalogi, MDI och Scientifc Computing och övriga utbildningar som vi nu har ansvar för. Skolan innefattar också fem akademiska forskarutbildningsämnen: numerisk analys, datalogi, människa-datorinteraktion, medieteknik och grafisk produktion samt tal-musikkommunikation.


Bland de inlämnade förslagen finns flera, som rektor uttrycker det, knäckfrågor.


Ett av dessa är till vilken skola verksamheten inom numerisk analys ska höra. Skola Grundläggande teknikvetenskaper har också föreslagit att numerisk analys ingår i denna. Det råder oenighet på institutionen, främst inom NA-gruppen, om vilken placering som vore bäst. Jag är övertygad om att rektor är klok och fattar det beslut som är bäst för KTH.


En annan knäckfråga är till vilken skola institutionen för Farkost- och flygteknik ska höra. Även där finns två olika förslag: Skola Grundläggande teknikvetenskaper eller Industriell teknik.
Det finns även andra knäckfrågor som inte berör institutionen lika nära såsom Skola Byggvetenskap där Arkitektur ingår.
Den nya organisationen kommer att gälla från den 1/1 2005, men det torde ta minst ett år att implementera de praktiska förändringarna. Det är inte tänkt att omorganisationen ska innebära lokalmässiga omflyttningar, i alla fall inte på kort sikt. Jag ser framför mig en händelserik höst, där många stora och små frågor behöver lösas.
Jag svarar givetvis på frågor men huvudstrukturen torde klarna inom en vecka.
Ingrid


 

Supervising Research Students
Datum: 2004-10-27
Tid: 9.30-16.30
Plats: UPC:s seminarierum,
Manne Siegbahn, hus C.
 
A workshop led by Professor Vicky Lewis
The aims of this workshop are to identify:
* the characteristics of a research thesis;
* ways to get students started on research;
* ways of supporting and maintaining progress towards completion;
* how to monitor progress;
* good supervisory practice.
Vicky Lewis is Professor of Education at the Open University.  She is a developmental psychologist studying the impact of disability on development.  She has had the experience of being supervised, obtaining a DPhil from Oxford University in 1976.  She has successfully supervised MSc, MPhil and PhD students funded by ESRC, various charities, HE Institutions, foreign Governments and the Northern Ireland Office.  She regularly examines research theses in other UK Universities.  With Sue Habeshaw she wrote 53 Interesting Ways to Supervise Student Projects, Dissertations and Theses.   Sista anmälningsdag: 2004-10-20
anmälan på:
http://www.upc.su.se/kalendarium/

 

TCS-Seminar


Monday 25 October, 13:15, room 1537
Semidefinite programming
Anders Forsgren, KTH


Semidefinite programming has attracted interest in the computational complexity community as a tool for providing lower bounds on optimal values of certain combinatorial optimization problems. It has also become an important tool for solving many design problems in control and communications theory.


The aim of this talk is to give an introduction to semidefinite programming. We start with a discussion on linear programming and duality. These results are then generalized to semidefinite programming, with discussion on important differences. The ability to solve semidefinite programs efficiently has been enhanced quite significantly by the development of interior methods. We give a basic description of interior methods. Finally, a few application examples are discussed.


ram

 


Seminar Announcement:
On Friday, the 8th of October, 13.15 o’clock,
Mario Paschke, Max Planck Institute for Mathematics in the Sciences, Leipzig, Germany,
will speak on
“Spectral Local QFT, or: Combining the equivalence principle and Noncommutative Geometry with local quantum theory”.
The seminar will take place in the seminar room at house 11 (Roslagstullsbacken 11).
Using the language of Connes’ Noncommutative Geometry we propose a generalization of the Haag-Kastler axioms for local quantum theory which is not only in accordance with Einsteins equivalence principle, but does also provide a (operationally well-defined) setting for “local quantum theory on Noncommutative spacetimes.”
We discuss some simple consequences of our axioms, in particular for theories over the Moyal-deformed Minkowski spacetime, and briefly describe the generally covariant quantization of the free Dirac-field (over generic Noncommutative spacetimes). We shall also comment on the possible application of our framework
to the sought-for theory of quantum gravity.
Welcome!
Cornelius Paufler

 

KTH Mathematical Physics GroupThe Automatic Control group at S3, KTH welcomes you to the following seminar:
Adaptive Controlled Brownian Dynamical Systems Approach for the Permeation Problem in Ion Channels
Professor Vikram Krishnamurthy
(Department of Electrical and Computer Engineering, University of British Columbia, Vancouver, Canada)
Date: October 11th, 15:15
Location: seminar room, 3rd floor, Osquldas väg 10, KTH
An ion channel is a biological nanotube formed by a protein macromolecule. In 2003, McKinnon was awarded the Nobel prize in Chemistry for determining the structure of a Potassium ion channel via X-ray crystallography. In this
paper we use an adaptively controlled Brownian dynamics simulation approach involving large scale interacting particles (ions) and to determine the homological model of an ion channel. The Brownian dynamics simulation
evolves at a femto second time scale and angstrom unit spatial resolution. We prove geometric ergodicity of the interacting system of ions modelled as a Langevin equation and then devise a weak derivative gradient estimator based stochastic gradient controller for learning the potential mean force structure of the ion channel.


 

HMI-lunchseminar
13th of October, 12 - 13,
Emotional expressions in music
PhD Erik Lindström
The seminar will take place at DSV in Kista, in the Forum-building (IT-university), C-elevator, floor 7, down the corridor straight ahead. It is a lunchseminar, so please bring your lunch!
Erik Lindström nybliven doktor vid institutionen för psykologi, Uppsala Universitet, har forskat om känslor i musik. Hans avhandling undersöker hur vi uppfattar känslor utifrån melodistrukturernas uppbyggnad och dess samspel med musikutförandet. Erik kommer att berätta om hur avhandlingens idéer och metoder skulle kunna användas i affektiv design och utformning av ”uttrycksfulla”
produkter.
Erik har även jobbat inom två HCI-relaterade projekt: MEGA med utvärdering av affekter och attityder hos användare av ”Multisensory-Expressive-Gesture-Applications” och; FeelME ”Feedback-learning of Musical Expression” med
forskning kring ett datorprogram som ger musiker feedback på uttryck av känslor. En översikt av metoder och resultat från projekten kommer att presenteras vid lunchseminariet.
Everybody is most welcome! No advance registration.
Kristina Höök, Professor at DSV,

 

Title: 2D5377:


“Algebras + Coalgebras = Data Types + Systems”


Lecturer: Karl Meinke (NADA Theory Group)
Description: The course is a 4 point graduate course. It will be held on Mondays at 10.15-12.00 and Thursdays 14.15-16.00. It starts in period 2, Monday October 25th, 10.15-12.00, in room 4329 (Medieteknik)
It will be of interest to software engineers, theoretical computer scientists and logicians.
Material covers programming semantics, data type theory, universal algebra, algebraic automata theory and category theory. Further details can be found at
http://www.nada.kth.se/~karlm/algebra.htm


Karl Meinke



ram

 


Licentiat Seminarium
Visual Attention using Game Theory
Ola Ramström, NADA/CVAP
Tid och plats: Fredag 22 Oktober, 13.30, sal E2, Lindstedtsvägen 3
Opponent: Dr.Phil. Claus Bundesen, University of Copenhagen
Huvudhandledare: Henrik Christensen, NADA/CVAP
Abstract:
The question ``what is on the table?’’ is normally simple for a human, but difficult for a machine. The problem is that the machine does not know what to search for, as no visual properties of the targets are known. Machine-vision algorithms, in general, need explicit knowledge of visual properties to perform object detection. Moreover, several visual properties must be considered to provide robustness. Such requirements make object detection computationally demanding and hence common algorithms scale poorly with respect to the number of objects and their visual properties. To address these problems a system has been developed that is inspired by findings from experimental psychology. The system is designed to search for objects on a specified place, e.g. things on a table or obstacles on a road. For such tasks many visual properties need to be processed. The presented system distributes the processing of visual properties and integrates only a relevant subset of the processed data. The relevant subset of data is found by forming object hypotheses from homogeneous regions in the scene. Hence the complexity of integrating a large set of visual properties is reduced.
This thesis first provides a survey of findings from experimental psychology, which give insight into the strategies used by the human visual system. From this survey it is clear that the processing of visual data is distributed across our visual cortex. Attentional mechanisms cooperate to fuse only a relevant subset of the data. One example of such mechanisms is object formation.
The presented system is also inspired by game theory, a field in which distributed computing and
cooperation has been studied for quite some time. This thesis provides an overview of game theory and evaluates its applicability to visual attention.
The system is evaluated in the context of a tabletop scenario; detecting objects on a table in a natural environment. The evaluation demonstrates that a sparse set of data is indeed enough for object detection when the visual context is known and the scene not too cluttered.



 

Announcement of graduate course
S3 and the Mathematics Department will, within the scope of the Graduate School of Telecommunications, offer the graduate course “Convex optimization with Engineering Applications”
This 4-8 credit graduate course will be given during period 2, 2004. Moredetails, including syllabus and a preliminary schedule, is available at the course home pages
http://www.s3.kth.se/kurser/2E5213/
http://www.math.kth.se/optsyst/research/5B5749/
Please do not hesitate to contact any of the lecturers (Anders Forsgren and Mikael Johansson) if you have any questions or concerns about the course.
Welcome!
Anders Forsgren (andersf@kth.se)
Mikael Johansson (mikael.johansson@s3.kth.se)

 


Design of embedded real-time systems: Architectural design


Se här information om en doktorandkurs som går på senhösten. Den är sponsrad av forskarskolan Artes++ och därmed gratis - dock är antalet deltagare begränsat - så tidig anmälan rekommenderas.
Länk till kursbeskrivning:
http://www.md.kth.se/RTC/Derts04/index.html


Martin Törngren

 

Graduate seminar announcement
“Topics in Software Validation and Defect Detection”.
During the period October - December 2004, I intend to run a graduate seminar (in the form of a reading & discussion group) titled:
It might be interesting for Ph.D. students (or even more senior academics!) who work on the broad area of Software Development or indeed anybody who has ever been or intends to be involved in a large software project.
More information can be found at
http://user.it.uu.se/~kostis/Seminars/PLI/software_eng.html

Participants welcome!


Kostis Sagonas



ram

 


Utlysning av stipendiefonderElektros fonder
Härmed ledigförklaras stipendier ur Es fonder enligt följande:
ALM-FONDEN
Fonden har till uppgift att främja undervisningen inom utbildningsprogrammet för elektroteknik. Fonden är i första hand avsedd att sökas
av lärare för studieresor. Även andra sökande kan komma ifråga.
GENERALDIREKTÖR WALDEMAR BORGQUISTS STIPENDIEFOND
Stipendium utdelas till sökande som är utexaminerad från Elektro, KTH och som avser att bedriva fortsatta studier med sikte på lic- eller doktorsexamen, specialstudier utomlands eller fortsätta ett betydelsefullt examensarbete utöver tre (3) månader.
TELEFONDIREKTÖR H.T. CEDERGRENS FOND
Stipendium utdelas till svenska elektrotekniker för studieresor eller praktisk verksamhet utomlands. Sökande bör ha 2-5 års praktisk erfarenhet efter civilingenjörsexamen.
E C ERICSONS FOND
Resestipendier till forskarstuderande eller yngre ingenjörer inom starkströmsteknik vid KTH.
PLEIJEL-FONDEN
Fonden skall främja forskning vid KTH, inom ämnesområdet elektroteknik. Sökande skall vara svensk medborgare.
STEN OCH LISA VELANDERS FORSKNINGSFOND
Fonden skall stödja forskning inom kraftproduktion, kraftdistribution och kraftkonsumtion och är avsedd för lärare vid KTH och forskarstuderande i elektrisk anläggningsteknik. Även annan sökande kan komma ifråga.
GLÖDLAMPFABRIKERNAS STIPENDIEFOND
Stipendier utdelas till elektrotekniker med examen vid universitet och tekniska högskolor i Sverige för undersökningar eller experiment inom ljuskällor och belysningsteknik.
TORSTEN LINDSTRÖMS ELKRAFTSTIPENDIUM
Stipendium utdelas till vid KTH verksam person, företrädesvis forskar-studerande, som utveckling. Stipendiet får delas på flera. Stipendiets syfte är att ge stipendiaten möjlighet att berika sitt kunnande och utveckla sina färdigheter inom området
Ansökan kan göras gemensamt till ovanstående fonder.
Ange diarienummer 930-2004-3037




 


JOHN OCH KARIN ENGBLOMS STIPENDIEFOND
Fonden skall möjliggöra studieresor inom telekommunikationsområdet till USA för civilingenjörer, som är utbildade vid KTH, även teknolog i sista årskursen kan komma ifråga. Fonden är i första hand avsedd för den som bedriver eller avser att bedriva forskarstudier. Utlandsvistelsen bör omfatta minst sex (6) månader. Stipendiets storlek beror på behov av kostnadstäckning och vistelsens längd.
Stipendiet kommer även att ledigkungöras under våren 2005.
Ange diarienummer 930-2004-3038
CIV ING ANDERS MALMES FOND
Fonden skall lämna bidrag till studerande inom utbildningslinjen för elektroteknik (företrädesvis starkström) som vill göra praktiktjänstgöring utomlands - främst i England, Tyskland och Frankrike. Även examensarbete kan komma ifråga.
Stipendiet kommer även att ledigkungöras under våren 2005.
Ansökan skall innehålla
· redogörelse för vad stipendiet skall användas till
· sökt belopp
· ett gott bedömningsunderlag (betyg/betygsutdrag, intyg från handledare
om examensarbete och/eller forskarstudier, övriga handlingar som
åberopas)
· uppgift om examina vid KTH
· uppgift om medborgarskap
I ansökan skall anges om andra stipendier söks för samma ändamål.
Närmare upplysningar kan erhållas av Ulrika Hallstrand, e-post:ulrika@def.kth.se och Christina Nordin, e-post:cnordin@def.kth.se
Ange diarienummer 930-2004-3038
Ansökan, med angivande av diarienummer enligt ovan skall inges senast 2004-11-05 till Registrator, KTH, 100 44 STOCKHOLM.



ram

 

 


Utlysning av stipendiefonder
IVAR BENDIXSONS
STIPENDIER ÅT DOCENTER
vid naturvetenskapliga fakultetenSenast den 22 oktober 2004 skall ansökan vara inkommen i 5 exemplar, med två exemplar av meritförteckning och övriga handlingar som åberopas, till naturvetenskapliga fakultetsnämnden, Stockholms universitet, 106 91 Stockholm.
Ingen ansökningsblankett.
300 000 kronor disponeras för stipendier åt docenter vid den naturvetenskapliga fakulteten för främjande av forskning. Stipendierna utdelas för högst ett år och för följande ändamål i prioritetsordning.
1. Eget uppehälle under forskning förutsatt att stipendiet söks för vetenskapligt motiverade projekt. Företräde ges i första hand till docent vars anställning som forskarassistent upphör/upphört och som under en övergångstid saknar anställning inom vilken forskning kan bedrivas, i andra hand till övriga docenter som saknar anställning med tillsvidareförordnande inom vilken forskning kan bedrivas.
2. Studie- och forskningsresor i fält och till forskningsinrättningar - inte för konferenser o dyl.
3. Avlöning Till forskningsbiträde.
4. Forskningsutrustning; kan bara komma ifråga som komplement till stipendium för studie- och forskningsresor.
ANVISNINGAR FÖR ANSÖKAN
Meritförteckning och övriga handlingar som åberopas skall inges i 2 exemplar.
Uppge: ändamål, tid (när ifrån och hur länge), tjänsteförhållanden (bifoga matrikel-utdrag!) och bidragets storlek med noggrann kostnadsspecifikation. För eget uppehälle anges tänkt lön med månadsbelopp såväl före som efter skatt (stipendium är f.n. skattefritt).
För biträdeshjälp anges lön före skatt samtspecificerade kostnader som lönekostnads-pålägg och semesterlönetillägg (för procentsatser hänvisas till personalbyrån).
Redovisa förutsättningarna för att bedriva forskningen genom att dels redovisa att det finns plats och forskningsmedel (institutionens eller externa), dels uppge andra sökta/erhållna anslag. Om sådana anslag beviljas, sedan ansökan om Bendixson-stipendium ingivits, skall fakulteten omgående meddelas.
OBS! Vid ansökan om stipendium avseende eget uppehälle skall bifogas en redogörelse av framtida försörjningsmöjligheter.
Stipendium ur Ivar Bendixsons fond kan erhållas högst tre gånger.

Numero är institutionstidningen vid Nada - institutionen för numerisk analys och datalogi, KTH. Numero utkommer normalt på torsdags-förmiddagar under teminstid. Manus måste lämnas in före kl.12 på onsdagar.Manus, tips, förslag och andra bidrag till Numero kan lämnas på något av följande sätt:

Bidrag för artiklar och notiser bör i största möjliga mån vara färdigformulerade och korrekturlästa. Varje Numeronummer utkommer i två former:

Numeroredaktionen består av Maria Engström. Ansvarig utgivare är Ingrid Melinder. Numeros innehåll uttrycker inte institutionens officiella ståndpunkt annat än då detta anges.

 

ram
ram
Kalendarium
ram

ram

7 Oktober

kl 15.15

Presentation av exjobb i datalogi: i rum 4523
Säkerhetslösningar för Enterprisenät: Edquist, Martin.
Comparative study of SQL server and Mimer SQL in mission-critical systems: Olsson, Jenny.
Using SIP in mobile online games: Niemelä, Fredrik.

ram
ram

8 oktober

kl. 13.15


kl. 14.00

Seminar:“Spectral Local QFT” Mario Paschke, seminar room at house 11 (Roslagstullsbacken 11).

14.00 Defense of dissertation:
Human capital development and competence structures in changing media production environments.
Anastasios Politis, kollegiesalen, Valhallavägen 79

ram
ram

11 Oktober

kl. 13.15



kl. 14.00-15.00

kl. 15.00

kl 15.15

Doktorandseminarium i teoretisk datalogi: Approximering av Max k CSP genom användning av slumprestriktioner och semidefinit programmering, Gustav Hast, Nada/TCS, rum 1537

Mini Workshop on Computational Electromagnetics, PSCI

Defense of dissertation: Robot Path Planning: An Object-Oriented Approach, Morten Strandberg, kollegiesalen, Valhallavägen 79

seminar:Adaptive Controlled Brownian Dynamical Systems Approach for the Permeation Problem in Ion Channels, Professor Vikram Krishnamurthy
Location: seminar room, 3rd floor, Osquldas väg 10, KTH

ram
ram

12 Oktober

kl. 13.15

CAS Seminar: Solving Mobile Robot Tasks without Localization and Mapping, Steven M. LaValle seminar room 22:an, 3rd floor, Teknikringen 14

ram
ram

13 oktober

kl. kl 12-13

HMI-lunchseminar: Emotional expressions in music PhD Erik Lindström, at DSV in Kista, Forum-building, C-elevator, floor 7

ram
ram

18 oktober

kl 13.15

Doktorandseminarium i teoretisk datalogi Dispensation Order Generation for Pyrosequencing Mats Carlsson, SICS, rum 1537

ram
ram

18 oktober

kl 15.15-ca 16.

Rektor informerar om skolplanerna Anders Flodström i sal F 1 på Lindstedtsvägen 22.

ram
ram

22 Oktober

kl. 10.15

13.30 Licentiat Seminarium: Visual Attention using Game Theory, Ola Ramström, sal E2, Lindstedtsvägen 3

ram
ram

25 Oktober

kl. 13:15

TCS-Seminar, Semidefinite programming Anders Forsgren, KTH, room 1537

ram

27 Oktober

kl. 9.30-16.30

Supervising Research Students, A workshop led by Professor Vicky Lewis, Plats: UPC:s seminarierum, Manne Siegbahn, hus C.

28 Oktober

kl. 14.00

Seminar at CVAP: Invariant Grey Scale Features for Pattern Recognition of 3D Textures, Dr Andrei Reztsov, Room 304, Teknikringen 14.

8 November

kl. 10 - 11.30

Seminar: SKETCHING INTERACTION, Jonas Löwgren,
DSV, Forum-building, Isafjordsgatan , C-elevator, floor 7

 



 

ram
"Love doesn't make the world go round.  Love just makes the ride worthwhile."

Franklin P. Adams

ram