Nada

^ Upp till kursens hemsida.

Lab 3: Proteinstruktur

Innan ni börjar

1 Prediktion av sekundärstruktur

Introduktion

Massmedia kunde nyligen rapportera att isländska forskare funnit att mutationer hos ett protein kallat ALOX5AP, arachidonate 5-lipoxygenase activating protein, kan orsaka hjärtinfarkter och slaganfall. En grupp proteiner, leukotriner, är inblandade i respons mot flera inflammatoriska sjukdomar, och för att dessa ska syntetiseras krävs proteinet ALOX5, arachidonate 5-lipoxygenase. Det har visat sig att proteinet MK-886 blockerar uttrycket av ALOX5, men att ALOX5AP binder MK-866 och därmed indirekt aktiverar ALOX5. Ni ska undersöka strukturen på dessa proteiner och se om något av dem är transmembrant.

Uppgift

Laddar ner proteinsekvenserna för ALOX5, ALOX5AP och leukotriene-exemplet LTA4 (leukotriene A4 hydrolase) från labbsidan och analysera dem med åtminstone två prediktorer: PHD och TMHMM. Ni får gärna testa andra prediktionsmetoder om ni vill, tex PSIPRED och JPRED, men de flesta servrar skickar resultatet via email. (Jag har inte kunnat hitta en sekvens för MK-886.)

2 Domänanalys

Introduktion

En av de bästa resurserna för domänanalys är Pfam. Pfam är både en databas över domänfamiljer, med familjerna åtkomliga som multilinjeringar och dolda Markovmodeller, och en online WWW-tjänst (tillgänglig både hos Sanger Institute, Washington University, och CGB på Karolinska) med avancerade sökmöjligheter. Ni ska använda båda aspekterna av Pfam när ni undersöker domänsammansättningen hos nukleära hormonreceptorer, speciellt familj fyra som ni har jobbat med tidigare!

Program

De program ni ska använda kommer från paketet HMMER. Det är öppet, fritt, välspritt, populärt och ligger bakom Pfam-sajterna.
hmmsearch
Programmet tar en HMM och en fil med sekvenser och letar upp domäner som matchar HMM:en. Används så här:

hmmsearch mydomain.hmm sekvensfil

Det är ofta bra att spara undan resultatet genom att skriva

hmmsearch mydomain.hmm sekvensfil > resultatfil

hmmalign
Linjerar sekvenser mot en HMM:

hmmalign mydomain.hmm sekvensfil

hmmbuild
Skapar en ny HMM givet linjerade sekvenser på Fasta-format.

hmmbuild newdomain.hmm sekvensfil

Uppgifter

^ Upp till kursens hemsida.


Sidansvarig: Lars Arvestad <arve@nada.kth.se>
Senast ändrad 18 februari 2004
Tekniskt stöd: <webmaster@nada.kth.se>