Nada

^ Upp till kursens hemsida.

Aktuell information om 3A1509, Bioinformatik

Lärare

Kursledare och föreläsare är Lars Arvestad, arve@nada.kth.se. Jag finns ofta tillgänglig på mitt arbetsrum på plan 2 i Albanova: A21049. För att säkert få tag på mig är det bäst att skicka datorpost. Arbetstelefon är 5537 8565.

Kurslitteratur

Kurslitteraturen ska läsas på egen hand parallellt med kursen. Föreläsningar och laborationer täcker endast en del av kursmaterialet.

Kursbok

Orengo, Jones & Thornton: "Bioinformatics: Genes, proteins & computers", BIOS, ISBN 1 85996 054 5.

Kursuppläggning

Nedan följer ett preliminärt kursprogram. Kapitelhänvisningarna är till kursboken Orengo et al, och "Golding" avser det utdelade kompendiet.
F1, FD5 tisdag kl 10-12
Introduktion. Evolution. (Kap 1)
F2, FD5 torsdag kl 10-12
Sekvensjämförelser: Linjering och databanksökning. (Kap 3, 4)
F3, K1 fredag kl 8-10
Multisekvenslinjering. (Kap 3, 4)
F4, FD5 tisdag kl 10-12
Fylogeni: Introduktion, avståndsskattning (Golding kap 8)
F5, FD5 torsdag kl 10-12
Fylogeni: Trädrekonstruktion (Golding kap 9)
F6, K1 fredag kl 8-10
Fylogeni: Tillämpningar
F7, FD5 tisdag kl 10-12
Proteinstruktur: Domäner och motiv (Kap 5, 7)
L1, torsdag kl 8-12
Lab Litteratursökning. Sekvensjämförelser
F8, K1 fredag kl 8-10
Proteinstruktur: Sekundärstruktur, membranproteiner. (Kap 9)
F9, FD5 tisdag kl 10-12
Proteinstruktur: Tertiärstruktur. (Kap 6, 7, 8)
L2, torsdag kl 8-12
Lab Fylogeni
F10, K1 fredag kl 8-10
Prediktion av gen-/protein-funktion. Lokalisering. (Kap 10, 11)
F11, FD5 tisdag kl 10-12
Genom och deras sekvensering. Genletning, genstruktur. (Kap 2)
L3, torsdag kl 8-12
Lab Proteinstruktur
F12, K1 fredag kl 8-10
Comparative genomics (Kap 12)
F13, FD5 tisdag kl 10-12
Analys av genuttryck och tillämpningar. Clustring, nätverk, transkriptionsfaktorer. (Kap 14,15)
L4, torsdag kl 8-12
Lab Projekt
F14, K1 fredag kl 8-10
Proteomics (Kap 16)
F15, FD5 tisdag kl 10-12
Buffert
F16, FD5 onsdag kl 10-12
Buffert

Kursregistrering, incheckning och "course join"

Så snart kursen börjat måste du göra incheckning på den. Gå till webbsidan för kursincheckning och fyll i uppgifterna. Ni är alla i grupp 1! Gör incheckning så snart som möjligt efter att kursen börjat!

För din egen skull bör du också ge kommandot

course join biobio04

Detta kommando gör tre saker:

När du är klar med kursen ger du kommandot

course leave biobio04

för att återställa allt.

Laborationer

Labbkursen är värd ett kurspoäng och består av fyra laborationer som görs i grupper om två personer. Användarnamn till datorerna (konton) är de samma som i den gångna numme-kursen. Om du saknar konto på Nada, ta kontakt med kursledaren så snart som möjligt! Labbarna utföres på Nada-datorer där nödvändiga program och data finns installerade. Redovisning sker på schemalagd labbtid då vi har bokade salar Spelhallen och Sporthallen (Lindstedtsvägen 5, plan 5). Enstaka labbar får inte sparas till annan kursomgång. Fullgörs inte alla fyra labbarna inom ett år från kursens slut har kursledaren rätt att kräva att alla labbar görs om. Elever som vill jobba ensamma får det, men vid redovisningstillfällen har tvåpersonersgrupper företräde.

När du är inloggad kan du se vilka labbar du är godkänd på genom att ge kommandot

res show biobio04

Hederskodex

Nada tillämpar en hederskodex i alla sina kurser och varje student som läser en Nadakurs förutsätts tillämpa hederskodexen. Om du inte har läst den eller inte minns den: läs den nu!

Tentamen

Tid och plats för ordinarietentan är onsdagen 10/3, i salarna E34 - E36. Du behöver inte anmäla dig till tentan. Inga hjälpmedel förutom skrivmedel är tillåtna. Godkänd tentamen ger tre av kursens fyra poäng.

Tentaresultatet anslås högst tre veckor efter tentan på institutionens anslagstavla på plan 3 (rakt under elevexpeditionen). Klagomål på rättning av tentan lämnas in skriftligen till kursledaren inom tre veckor från det att tentaresultatet anslagits.

En omtentamen är inbokad till torsdagen 15/4 i sal D31.

Synpunkter på kursen

Det är viktigt att utveckla kursen utefter era erfarenheter. Därför kommer en kursutvärdering att göras. Synpunkter och kommentarer är alltid välkomna!

^ Upp till kursens hemsida.


Sidansvarig: Lars Arvestad <arve@nada.kth.se>
Senast ändrad 24 februari 2004
Tekniskt stöd: <webmaster@nada.kth.se>