Upp till kursens hemsida.
Aktuell information om 2D1435,
Neuronnäts- och biomodellering
Lärare
Kursledare är Erik Fransén, erikf@nada.kth.se. Mottagningstid enligt överenskommelse.
Lärare är Jeanette Hellgren Kotaleski (JHK), Erik Fransén (EF)
Nyheter
Omtentan är nu rättad. Resultatet finns på anslagstavlan på vån 3 i E-huset. Tentor kan hämtas ut på studentexpeditionen. Jeanette sänker maxgränsen på tentan från 20 till 18 eftersom uppgift 1b om Masterekvationen låg utanför meddelat kursinnehåll. Svar på uppgifterna kommer om ca 2v.
Redovisning av restlabbar kan göras under vecka 3-4 2006. Hör av dig till Jeanette Hellgren Kotaleski (jeanette @ nada.kth.se).
Omtentan blir 16/1 2006 kl 13-18 i rum 4523, plan 5 i D-huset, Lindstedsv 5.
Kursanalysen är klar och hittas här.
Tentan är rättad. Listorna finns på anslagstavlorna i E-huset plan 3 under rubriken "Autonoma system" (eller under 2D1435/2D1436 om vi fått en egen skylt). Lydelsen och svar finns under extentor nedan.
Listorna på tider för projektpresentationerna finns här. Om du inte kan det pass du fått (13-15 resp 15-17) men du kan det andra passet, skicka ett epost till Jeanette så byter hon för dig. För projektredovisningen finns det OH-plast för de som vill göra bilder att hämta utanför studentexpeditionen på plan 2. De ligger i en låda märkt med kursnumret i bokhyllan rakt fram.
Kursenkät När kursen är slut vill vi gärna ha dina synpunkter.
Nu fungerar äntligen bokningssystemet för bokning av projektartikel. Det var systemgruppen som hade infört nya säkerhetsrutiner som hindrade programmet.
Problemet med att hitta programmen för labb4 och 5 är fixat. Om ni har gjort course join biomod05 så ska det fungera nu. Man behöver inte ladda modulen biomod05, det sker automatiskt. Orsaken var att systemgruppen hade uppgraderat operativsystemet i labsalarna.
Frågestund inför tentan tors 20/10 kl 12-13 i Ljusgården i D-huset.
Extentorna är från tidigare år och det innebär att uppgifter om synapser, synaptisk plasticitet och nätverk av nervceller inte är aktuella för er. Ni kommer att kunna välja mellan en uppgift relaterad till föreläsning 8 (kabelekvationen, ekvivalenta kretsar) eller 8c (reverse engineering av genetiska nätverk). Material till tentan är kursbok/kursbunt, labkompendium, föreläsningsanteckningar, extentor. OBS, svar till uppg 3 på tentan 20020524 finns nu under listan för extentor.
Observera att det fortlöpande kommer läsanvisningar till kursbunten efter motsvarande föreläsning har hållits.
Kursstart är 31/8 15.15 i E31.
Observera att det är ett fel i schema äldre än 050817, det är 2 föreläsningar i v35, tidigare scheman har bara listat en föreläsning.
31/8 kl 15-17 i E31 (Kursstart)
1/9 kl 10-12 i V21
Preliminär
kursplan
Kursen består av de 3 obligatoriska momenten LAB1 1p (3 labbar: L1, L2, L4 (L4 kan bytas mot L3)), PROJ2 2p (lab L5 och en projektuppgift), TEN2 3p (tentamen).
Kursanalys
Förra kursomgångens kursanalys finns här.
Synpunkter på kursen
Eftersom denna
kurs kommer att ges under flera års tid är vi tacksamma för synpunkter på
kursen. En datorstödd kursutvärdering kommer att göras mot kursens slut. Synpunkter kan också
lämnas direkt till kursledaren.
Kursregistrering
Om du vill gå
kursen ska du anmäla det i förväg till kansliet/studievägledningen för ditt
utbildningsprogram. Ingen förhandsanmälan ska göras till Nada. Det finns ingen
platsbegränsning. Observera dock förkunskapskraven.
Så snart kursen börjat måste du
registrera dig på den. Detta görs med kommandot
res checkin biomod05
på någon av Nadas unixdatorer. Registrera dig så snart som möjligt efter
att kursen börjat!
Kurskatalog
Kursen har en
katalog på Unixdatorerna: /info/biomod05. På denna katalog finns textfiler,
programskelett, program och liknande som har med kursen att göra.
Kurslitteratur
Kurslitteraturen
ska läsas på egen hand parallellt med kursen. Föreläsningar och laborationer täcker
endast en del av kursmaterialet.
Under kursen utdelade stenciler tillkommer.
Kursbok
Det kommer att finnas en kursbunt till försäljning som innehåller läsmaterial för varje föreläsning. Förrutom denna kursbunt kan vi rekommendera följande böcker:Daniel Johnston and Samuel Miao-Sin Wu: Fundamentals of Cellular Neurophysiology, The MIT Press, ISBN 0-262-10053-3. Finns att köpa hos större fackbokhandlare samt på Internet.
ellerC.P. Fall, E.S Marland, J.M. Wagner, J.J. Tyson (ed): Computational cell biology, Springer-Verlag, ISBN 0-387-95369-8. Finns att köpa hos större fackbokhandlare samt på Internet.
Övrigt kursmaterial
- Föreläsningsanteckningar, se lista här.
- Läsanvisningar för kursmaterial finns här.
- Extentor, se lista här.
Laborationer (LAB1)
Labbkursen består
av tre laborationer som görs i grupper om två personer eller individuellt. Varje labb har två tillfällen bokade men kan ta mer tid i anspråk. Tre av 4 labbar skall göras enligt följande: L1, L2, L4 (alternativt till L4 kan L3 göras). De som läst 7E1201 Neurovetenskap bör inte välja L4 eftersom den överlappar med en redan gjord labb. Labbarna redovisas på labtid. Fullgörs inte samtliga labbarna inom ett år från kursens slut har kursledaren rätt att kräva att alla labbar görs om.
För att nå vissa program skall du lägga till kursens modul biomod05 med tex: course join biomod05 (logga sedan ut och logga in igen). Filer till labbarna finns under /info/biomod05/lab#
- Lab 1 anvisningar "Computational biochemistry" (.pdf)
- Lab 2 anvisningar "Membrane potential and stochastic voltage dependent ion channels" (.pdf)
- Lab 3a anvisningar "Pattern formation in reaction-diffusion systems" (.pdf)
- Lab 3b anvisningar "Reverse engineering" (.pdf)
- Lab 4a anvisningar "Neural models: the axon" (.pdf)
- Lab 4b anvisningar "Neuron and synapse models" (.pdf)
- Lab 5 anvisningar "Biological neural networks" (.pdf)
Nadas terminalsalar
Kårkortet ger
tillträde till Nadas terminalsalar dygnet runt, men terminalsalarna är dagtid
ofta bokade för andra kurser. Ge kommandot här så får du reda på
när det är bokat.
Det finns arbetsmiljöregler för terminalsalarna. Dessa talar om hur
man ska bete sig i salarna.
Allmän handledare
finns tillgänglig i terminalsalarna på plan 4 vissa tider varje vardag.
Hederskodex
Grundregeln är
att det jobb du gör i kursen (labbar, inlämningsuppgifter, tentor m.m.) ska du
göra själv, förutom att labbarna kan göras i tvåmannagrupper. Vid redovisning
av labbar ska båda i gruppen kunna redogöra i detalj även för vad labbkompisen
skrivit.
Ibland, speciellt när man skriver
program, kan det vara nödvändigt att fråga någon annan (en kamrat eller en
handledare) om hjälp med att hitta fel. Detta är tillåtet förutsatt
att du uppfyller följande villkor.
- Om du fått hjälp med mer än bara någon enstaka
rad i programmet ska du ge ett skriftligt erkännande till den som hjälpte
till, lämpligen i form av en kommentarrad överst i programmet, som talar
om vem som hjälpt dig med vad.
- Du måste förstå hela den färdiga lösningen,
även de delar du fått hjälp med.
Varje annan form av samarbete och utnyttjande av
andras lösningar betraktas som ett brott mot hederskodexen och kan
bestraffas, t ex genom att du förlorar alla bonuspoäng eller får göra en ny
uppgift.
Detta är en översatt och
omarbetad version av den hederskodex som används i kursen Introduction to computer science vid Stanford University. Den tillämpas i många av Nadas kurser.
Labba hemma
Om du har en
dator och internet hemma kan du koppla upp dig mot Nadas datorer
hemifrån.
Projekt (PROJ2)
Först i detta moment görs lab L5. Ett
projekt genomförs sedan under senare delen av kursen i grupper om 1 till 3
studenter. Typiskt ingår en liten litteraturstudie kring en konkret
frågeställning eller en mindre modellering av något slag. Väljer du ett eget projekt skall det godkännas av en lärare på kursen. Redovisningen
sker muntligen den 9/11 (kl 13-17). Presentationsschema finns ovan under "Nyheter".
OBS Du behöver bara vara närvarande det tvåtimmarspass som du själv redovisar (dvs 13-15 eller 15-17).
Artiklarna till respektive projekt hittar du här.