2001-05-17, ALa

2D1434 Neuronnäts- och Biomodellering, övriga läsanvisningar

Anvisningar: 1 = detaljkunskap; 2 = kunskap, 3= orienterande. Siffra angiven för överordnat kapitel avser endast den inledande delen av detta kapitel, ej separat angivna underavsnitt.

 

Läsanvisningar för Westermark, P.: Biochemisty in silico

 

PART 1

1

2.2.1

Some words on diffusion and rate constants...

3

3.1.1

The Gillespie algorithm for Mesoscopic Simulations

3

 

PART 2

1

       1.2.2

Conserved Moieties

3

 

Läsanvisningar för Sandberg, A.: Models of Development

1

Introduction

2

2

Reaction-Diffusion systems

2

3

Neurite formation

2

4

Dendrites

3

5

Axonogenesis

2

6

Cellular approaches to development modelling

3

7

Phenomenological models

3

 

Läsanvisningar för Anders Sandbergs utdelade artiklar

Hanahashi, S. and Kitano, H. (1998): Simulation of Drosophila Embryogenesis. Proc. 6th Int. Conf. on A-Life, 151.160.

3

Hentschel, H. G. E. and van Ooyen, A. (1999): Models of Axon Guidance and Bundling During Development. Proc. R. Soc. Lond. B 266, 2231-2238.

2

 

Läsanvisningar för Jeanette Hellgrens utdelade artiklar

Lundh, D. (1998): A kinetic model on calcium residues and facilitation. Brain Research Bulletin 45, 589-597.

3

Paulsen, O. and Sejnowski, T. J. (2000): Natural patterns of activity and long-term plasticity. Curr. Opin. Neurobiol. 10, 172-179.

3

Malinow, R., Mainen, Z. F., and Hayashi, Y. (2000): LTP mechanisms: from silence to four-lane traffic. Curr. Opin. Neurobiol. 10, 352-357.

3

 

Läsanvisningar för Erik Aurells utdelade artiklar

Ptashne M.: A Genetic Switch: Phage l and Higher Organisms

2

Darling P. J., Holt J. M., and Ackers G. K. (2000): Coupled Energetics of l cro Repressor Self-assembly and Site-specific DNA Operator Binding II: Cooperative Interactions of cro Dimers. J Mol Biol 302, 625-638.

Discussion

2

samma, resten

3

Darling P. J., Holt J. M., and Ackers G. K. (2000): Coupled Energetics of l cro Repressor Self-assembly and Site-Specific DNA Operator Binding I: Analysis of cro Dimerization from Nanomolar to Micromolar Concentrations. Biochemistry 39, 11500-11507.

3