Nada

Kursanalys för 2D1396 Bioinformatik, VT05

Här analyseras kursen 2D1396 Bioinformatik. Strukturen på rapporten bygger på Nadas kursanalysinstruktioner.

Kursdata

Kurs2D1396 Bioinformatik, 4p, period 3, vt 2005.
KursledareLars Arvestad
HandledareSamuel Andersson, Örjan Svensson, Marcus Hjelm, Ali Tofigh
Undervisningstimmar15 föreläsningar om 2 h, samt 4 datorlaborationer med 4 timmars handledning
Denna kurs är under ny huvudman (NADA/KOD), men bygger på 3A1509.

74 studenter följde kursen aktivt och har godkänts på minst tre av de fyra labbarna. Två av dessa studenter gjorde labmomentet året innan.

När kursen fördes över till Nada föll datorlaborationerna av misstag bort som separat examinationsmoment. Därför är siffrorna för prestationsgrad (andelen presterade poäng av möjliga poäng för de registrerade studenterna) och examinationsgrad (andelen studenter som efter första examinationstillfället klarat alla kurskrav) desamma. Nästa läsår kommer labmomentet att kunna redovisas separat.

Examinationsgraden när detta skrivs, efter två tentor (båda inom en månad efter kursslut) och tid för labrapporter, är 79 %.

Dom som har klarat tentan har nu också avslutat labkursen, så om labmomentet hade redovisats separat hade prestationsgraden varit densamma.

Det är ännu 15 studenter som ej har klarat tentan, men det är också endast 6 (varav två som följde kursen förra året) som inte ens tog sig tid att försöka.

Mål

Kursen ska ge en allmän introduktion till ämnet och beröra många olika problemställningar som man kan råka ut för vid analys av molekulärbiologiska data. Efter kursen ska studenterna känna att de kan diskutera praktiska bioinformatiska problem och veta vilka verktyg man kan använda eller vart man kan vända sig för att lösa sitt problem. De ska vara orienterade om de olika algoritmer och metoder som används i fältet, samt vilka olika typer av data som finns tillgängliga. Även handhavande av metoder betonas och såväl möjligheter och begränsningar med olika metoder diskuteras.

Förändringar inför denna kurs

Den här kursen, och dess föregångare, har inte haft en passande bok. Därför gick vi i år över till "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis" av David Mount. Den fjärde, mer självständiga, laborationen utvecklades så att studenterna fick välja en av fyra uppgifter. Varje uppgift skulle motsvara ett intressant problem med anknytning till "verkligt" bioinformatik.

Sammanfattning

Även om jag är nöjd med kursen finns det flera saker att utveckla. Alltför många studenter fann i år kursen bristfällig, vilket understryker behovet av att kritiskt granska kursen. I år gav 17 % av studenterna att kursen betyget "underkänt", mot 0 % förra året.

Undervisningen

Kursen hade 15 föreläsningarna på traditionell form som utgjorde stommen för kursen. Utfallet blev betydligt sämre i år än året dessförinnan: Hela 11 % gav betyget 1 ("kasst"), och endast 46 % ville ge betyget 3 eller 4. Detta ska jämföras med att ingen gav betyg 1 efter kursen förra omgång.

Jag har fortfarande problem att genomföra resonemang med sannolikhetslära. Studenterna har helt enkelt inte tillräckliga mattekunskaper för detta, och jag överväger att ägna en föreläsning åt sannolikhetslära nästa år. Kursen i teknisk mätteknik gör tydligen på samma sätt så jag måste koordinera deras innehåll med mitt.

Många tycker att det är svårt att veta vad man ska lära sig i kursen. Det här problemet fanns även förra året, men jag trodde att den nya boken skulle hjälpa till att lösa det problemet. Jag försökte också vara tydligare på föreläsningarna med vad som var viktigt och vad som var bakgrundsinformation och överkurs. Åtgärdern hjälpte inte och på begäran gjorde jag en enkel sammanfattning av vilka moment man borde förstå. Den sammanfattningen kom sent i kursen, och jag borde kunna utnyttja den som stomme till en noggrann kursbeskrivning nästa år.

Datorlaborationer

Datorlaborationer utfördes i Nadas terminalsalar i Unix-miljö med handledning av mig själv och fyra handledare plockade från SBC. Precis som förra året hanterar studenterna datormiljön på ett bra sätt, mycket tack vare nummekursen. Jag uppfattade det som betydligt mer väntetid i år, vilket naturligtvis inte är så konstigt då det var drygt 15 % fler studenter i år.

Ett litet men lyckat moment i år var kopplingen till kursen i mikrobiologi. I den kursen ska man i en lab identifiera en okänd bakterie och som del i blir en gen sekvenserad. Denna fick studenterna nu tillgång till (ett år efter mikrobiologin) och kunde använda den för att leta i gendatabaser över WWW. Vi fick flera positiva kommentarer om denna kurs-till-kurs-koppling.

För laboration 1 till 3 har jag identifierat ett flertal stycken som måste skrivas om, men de grundläggande uppgifterna står sig.

Laboration 4 var ju i år utökad så att man kunde välja en av fyra uppgifter. En av dessa var densamma som laboration 4 förra året så den gick smärtfritt. Ytterligare en var det ingen som vågade sig på. De två andra visade sig tyvärr vara för dåligt upplagda och gav alltför mycket oförväntade (av mig) problem. En av uppgifterna kommer antagligen att strykas/ersättas inför nästa år och en (leta cellulosasyntas-gener i ris) är redan omgjord och gjord betydligt enklare.

Som kompensation för det onödiga slitet på lab 4 sänkte jag mina krav på godkänd labrapport, men jag vill verkligen höja kraven på läsbarhet och genomförande nästa år.

Examination

Examination har gjorts med en tentamen med uppgifter på totalt 30 poäng. Jag har krävt 15 för godkänt, 20 för betyg 4, och 25 för betyg 5. Jag är nöjd med strukturen på tentan och kommer att fortsätta använda den.

Kurslitteratur

Kurslitteraturen var "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis" av David Mount istället för förra årets "Bioinformatics: Genes, proteins and computers" av Orengo, Jones, och Thornton. Boken är mer detaljerade och täcker ämnen som fylogeny betydligt bättre, så vi behövde inte det extra häfte om evolutionär historia av Golding och Morton som användes förra året. Flera studenter följde däremot mitt tips om ett kapitel om HMMer (dolda Markovmodeller), fritt tillgängligt över WWW, av Anders Krogh.

Boken var inte populär och jag är inte heller nöjd med den, men det är den bästa boken hittills.

Elevenkät

En kursutvärdering gjordes av studenterna själva och finns tillgänglig. Jag bidrog med förslag på frågor för att få ungefär samma utvärdering som förra året samt några nya frågor jag vill ha svar på.

Som nämnts fick föreläsningarna kritik. Laborationerna klarade sig bättre, även om betyget överlag blev betydligt sämre än förra året. Laborationerna, alla fyra, upplevs av dom flesta som givande och intressanta. Att döma av omdömena ligger svårighetsgraden på en vettig nivå.

Labassisternerna fick goda betyg, men många anförde att det behövs fler assistenter. I bemanningssamtal har vi nu tillfört kursen en extra assistent.

Kursens belastning

Arbetsbördan verkar ha varit rimlig för studenterna. Enda undantaget var lab 4, se ovan. 82 % av dom som svarande på kursenkäten tyckte att det gick bra att läsa andra kurser samtidigt. Ett problem var de många krockarna med studiebesöken i kursen Läkemedelsutveckling. Med tanke på att varje inriktning på Bio läser Bioinformatik så borde det gå att planera dessa besök bättre.

Förkunskaper

Jag hade gärna sett att studenterna var mer vana vid sannolikhetsberäkningar.

Övrigt

Schemaläggningen av kursen i år var under all kritik. 11 föreläsningar och fyra labbpass las inom 2,5 veckor. Detta var opraktiskt för alla inblandade och jag har bett schemaläggningen att det ska ändras till nästa år.

Planerade förändringar


Lars Arvestad
Last modified: Mon Jun 13 15:20:32 CEST 2005