Nada

Aktuell information om 2D1435, Neuronnäts- och biomodellering

Lärare

Kursledare är Erik Fransén, erikf@nada.kth.se. Mottagningstid enligt överenskommelse.

Lärare är Jeanette Hellgren Kotaleski (JHK), Erik Fransén (EF)

Nyheter

Nästa kurs, omtentor Nästa kurs ges per 1 HT 2005. Inga omtentor är schemalaggda för per 4 eller augusti LÅ 04-05. Hör av dig till Erik Fransen om du har frågor kring detta.

Omtentan är nu rättad Resultaten är uppsatta på Nada, plan 3.

Omtenta ges måndagen 17 januari kl 13.00 i rum 4523, D-huset på Nada, plan 5. Anmäl dig till Erik Fransen.

Lösningsförslag till omtentan 040819 hittar ni här.

Omtentan är 19 aug 8-13 i V32.

Kursanalysen är nu klar, se här.

Tentaresultaten är nu klara, se här.

Tentan och lösningsförslag hittar ni här.

Kursenkät Nu när kursen är slut vill vi gärna ha dina synpunkter.

För projektredovisningen finns det OH-plast för de som vill göra bilder att hämta utanför studentexpeditionen på plan 2. De ligger i en låda märkt med kursnumret i bokhyllan rakt fram.

Ni som nu går 7E1201 Neurovetenskap behöver inte gå på föreläsningen om Modellering och simulering av neurala nätverk. Det är jag som har den och den blir inget nytt för er.

På tentan finns inget speciellt formelblad. De enklaste formlerna, som tex Nernst, räknar vi med att nin kan. De andra lämnas med uppgiften om de behövs. Vill ni ha med er Beta eller Physics handbook går det bra. Man får ha med miniräknare.

Frågor inför tentan på F11
Har ni inte frågat redan så finns chansen att ta frågor inför tentan under sista delen av F11.

Obligatoriskt material till F10 och F11
delas ut på föreläsningarna (F10: Kap 10 i Computational neuroscience samt F11: Kap 1 i Computational modeling of genetic and biochemical networks). Översiktsmaterial finns nedan under rubriken Föreläsningsanteckningar (F10orienterandeArtikel samt F11orienterandeArtikel). Läsanvisningar för F10 och F11 finns här.

Projektredovisningarna 13 och 17 maj.

040414
Nu finns äntligen svar till extentan 020524 bland extentafilerna.

Schema: nya salar

Eftersom vi är fler än beräknat måste vi flytta till annan sal än L31. Schemat blir enligt följande (dagar och tider är oförändrade):

18/3    E33
22/3    E36
25/3    E36
29/3    D34

1/4     E36
26/4    E36
29/4    E36

3/5     E36
6/5     E34
10/5    E51
13/5    E36
17/5    E53

Preliminär kursplan

Kursanalys

Förra kursomgångens kursanalys finns här.

Kursregistrering

Om du vill gå kursen ska du anmäla det i förväg till kansliet/studievägledningen för ditt utbildningsprogram. Ingen förhandsanmälan ska göras till Nada. Det finns ingen platsbegränsning. Observera dock förkunskapskraven.

Så snart kursen börjat måste du registrera dig på den. Detta görs med kommandot

res checkin biomod04

på någon av Nadas unixdatorer. Registrera dig så snart som möjligt efter att kursen börjat!

Kurskatalog

Kursen har en katalog på Unixdatorerna: /info/biomod04. På denna katalog finns textfiler, programskelett, program och liknande som har med kursen att göra.

Kurslitteratur

Kurslitteraturen ska läsas på egen hand parallellt med kursen. Föreläsningar och laborationer täcker endast en del av kursmaterialet.
Under kursen utdelade stenciler tillkommer.

Kursbok

"Daniel Johnston and Samuel Miao-Sin Wu: Fundamentals of Cellular Neurophysiology", The MIT Press, ISBN 0-262-10053-3. Finns att köpa hos större fackbokhandlare samt på Internet (se läsanvisningar).

Övrigt kursmaterial

Föreläsningsanteckningar, se lista här.
The Book of Genesis (utdrag), se läsanvisningar.
Läsanvisningar för kursmaterial utöver J&W och Genesis finns här och

här

Extentor, se lista här.

Laborationer

Labbkursen består av fyra laborationer som görs individuellt eller i grupper om två personer. På laboration 3 görs 2 av I,II,III, men I endast av dem som inte gjort samma lab på kursen 7E1201 Neurovetenskap. Fullgörs inte samtliga labbarna inom ett år från kursens slut har kursledaren rätt att kräva att alla labbar görs om.

Labbarna redovisas på föreläsningstid. För att få godkännt på labbarna krävs dels 75% närvaro på dessa redovisningar, dvs 3 av lab1-4. Dessutom skall varje labgrupp vid början av redovisningsföreläsningen lämna in ett papper med två frågor som rör labben. Dessa frågor kan antingen handla om något man inte förstått, eller vara frågor kring något man gjort på labben. Tanken är att ett bra labarbete resulterar i bra frågor. Föreläsaren tar sedan upp vissa av dessa frågor. Under redovisningsföreläsningen visar föreläsaren delresultat på labben så att studenterna kan verifiera att de gjort rätt.

För att nå vissa program skall du lägga till kursens modul biomod04 med tex: course join biomod04 (logga sedan ut och logga in igen). Filer till labbarna finns under /info/biomod04/lab#

Lab 1 anvisningar (.pdf) (.ps)
Lab 2 anvisningar (.pdf) (.ps)
Lab 3.I anvisningar (.pdf)
Lab 3.II anvisningar (.pdf)
Lab 3.III anvisningar (.pdf)
Lab 4 anvisningar (.pdf)

Nadas terminalsalar

Kårkortet ger tillträde till Nadas terminalsalar dygnet runt, men terminalsalarna är dagtid ofta bokade för andra kurser. Ge kommandot här så får du reda på när det är bokat.

Det finns arbetsmiljöregler för terminalsalarna. Dessa talar om hur man ska bete sig i salarna.

Allmän handledare finns tillgänglig i terminalsalarna på plan 4 vissa tider varje vardag.

Hederskodex

Grundregeln är att det jobb du gör i kursen (labbar, inlämningsuppgifter, tentor m.m.) ska du göra själv, förutom att labbarna kan göras i tvåmannagrupper. Vid redovisning av labbar ska båda i gruppen kunna redogöra i detalj även för vad labbkompisen skrivit.

Ibland, speciellt när man skriver program, kan det vara nödvändigt att fråga någon annan (en kamrat eller en handledare) om hjälp med att hitta fel. Detta är tillåtet förutsatt att du uppfyller följande villkor.

Om du fått hjälp med mer än bara någon enstaka rad i programmet ska du ge ett skriftligt erkännande till den som hjälpte till, lämpligen i form av en kommentarrad överst i programmet, som talar om vem som hjälpt dig med vad.
Du måste förstå hela den färdiga lösningen, även de delar du fått hjälp med.

Varje annan form av samarbete och utnyttjande av andras lösningar betraktas som ett brott mot hederskodexen och kan bestraffas, t ex genom att du förlorar alla bonuspoäng eller får göra en ny uppgift.

Detta är en översatt och omarbetad version av den hederskodex som används i kursen Introduction to computer science vid Stanford University. Den tillämpas i många av Nadas kurser.

Labba hemma

Om du har en dator och internet hemma kan du koppla upp dig mot Nadas datorer hemifrån.

Projekt

Ett projekt genomförs under senare delen av kursen i grupper om 1 till 3 studenter. Typiskt ingår en liten litteraturstudie kring en konkret frågeställning eller en mindre modellering av något slag. Väljer du ett eget projekt skall det godkännas av en lärare på kursen. Redovisningen sker muntligen den 13/5 eller 17/5, schema kommer senare när alla har bokat ett projekt. Artiklarna till respektive projekt hittar du här.

Formatet på presentationerna är enligt följande: Projektgruppen har 5 min per person i projektet för presentationen som sker i närvaro av lärare och övriga studenter på kursen. Alla projektdeltagare i en grupp måste vara med på gruppens presentation. Man måste bara vara med på den av F12/F13 där man presenterar. Trepersonersgrupper har mao 15 min där en student redogör för kärnproblematiken/kärnfrågorna, en annan student redogör för vad som var bra och intressant i resultat och val av frågor, och en tredje student är opponent och försöker kritisera arbetet och kanske tom föreslå alternativa vägar/frågor. I tvåpersonersgrupper presenterar den ena studenten kärnproblematiken/kärnfrågorna och den andra huvudresultat och bra och dåliga sidor av arbetet. I enpersonersgrupper presenteras kärnproblematiken/kärnfrågorna och huvudresultaten. Använd gärna en eller annan OH-sida eller datorpresentationsbild för att visa resulatat etc, men tänk på den begränsade tiden.

Tentamen

Tid och plats för ordinarie tentamen är onsdagen den 26 maj kl. 14.00-19.00 i sal D34-D35.

Tentaresultatet anslås högst tre veckor efter tentan på institutionens anslagstavla på plan 3. Klagomål på rättning av tentan lämnas in skriftligen till kursledaren inom tre veckor från det att tentaresultatet anslagits.

Anmälan till tentan

Du behöver inte anmäla dig till tentan. (Tentaanmälan var tidigare obligatorisk för D- och E-teknologer men Nada använder sig inte av detta anmälningssystem längre.)

Synpunkter på kursen

Eftersom denna kurs kommer att ges under flera års tid är vi tacksamma för synpunkter på kursen. En datorstödd kursutvärdering kommer att göras. Synpunkter kan också lämnas direkt till kursledaren.

Upp till kursens hemsida.

Sidansvarig: Erik Fransén <erikf@nada.kth.se>
Senast ändrad 20 januari 2005
Tekniskt stöd: <webmaster@nada.kth.se>